La diferencia entre el Esquema Nacional de Interoperabilidad y el Esquema Nacional de Seguridad es básicamente su objetivo:
El Esquema Nacional de Interoperabilidad establece los principios y directrices de interoperabilidad en el intercambio y conservación de la información electrónica por parte de Administraciones Públicas.(SU OBJETO ES LA INFORMACIÓN)
Por contra el Esquema Nacional de Seguridad tiene como objeto establecer la política de seguridad en la utilización de medios electrónicos y está constituido por principios básicos y requisitos mínimos que permitan una protección adecuada de la información. (SU OBJETO SON LOS MEDIOS ELECTRÓNICOS)
