Hola martacs36, tu duda es muy razonable porque es un asunto que crea polémica. Según el artículo 14 del Real Decreto 2073/1999, de 30 de diciembre, del Registro Central de Personal, el plazo sería 90 días naturales, pero aquí tenemos que irnos a la entrada en vigor el 01/10/2016 de la Ley 39/2015, en concreto del artículo 30.2 que dice “Siempre que por Ley o en el Derecho de la Unión Europea no se exprese otro cómputo, cuando los plazos se señalen por días, se entiende que éstos son hábiles, excluyéndose del cómputo los sábados, los domingos y los declarados festivos”.
Por tanto solo una Ley o el Derecho de la Unión Europea pueden establecer días naturales, así que el plazo al que nos haces referencia desde la entrada en vigor del artículo 30.2 de la Ley 39/2015 se considera en días hábiles.
un saludo.